1) monisetup.php를 실행시켜서 config.php를 생성할 경우에, $query_prefix="?"; 라고 설정이 됩니다. 이 문제는 위에서 제시한 두 호스팅 업체에서만 발생했습니다.

3) 이건 해결했던 건데, 제가 페이지 내용을 수정하는 걸 깜박했었네요;

덧: SyntaxHighlighter도 한번 사용해 봐야겠네요~ 알려주셔서 감사합니다 ^^

2번의 문제는 저도 겪고 있는 문제입니다. suPHP미적용 환경과 suPHP적용 환경 둘다 테스트 해보았습니다.
추적결과 moniwiki를 호스트의 document_root로 잡고 url_prefix = ''으로 설정할경우 발생하는 문제로 xxx_real_dir변수를 제대로 얻어오지 못하는 문제가 있습니다.